La remuneración de los directivos de la FECYT cumple con lo estipulado en el Real Decreto 451/2012, de 5 de marzo, por el que se regula el régimen retributivo de los máximos responsables y directivos en el sector público empresarial y otras entidades, habiendo sido fijada en un 30% de media inferior a los límites máximos establecidos por el citado Real Decreto. El importe bruto anual según contrato, actualizado a 31 de diciembre de 2019 conforme a los incrementos establecidos por las Leyes de Presupuestos Anuales, es el siguiente: 

Dirección General
Retribución básica: 51.008 euros
Retribución complementaria: 36.132 euros
Retribución en especie: 5.888 euros

Otros altos directivos
Retribución básica: 46.550 euros
Retribución complementaria: 34.007 euros
Retribución en especie: 4.272 euros

Dirección General: Imma Aguilar Nàcher

Licenciada en Ciencias de la Información por la Universidad Politécnica de Valencia, es máster en Dirección de Comunicación (Universidad Oberta de Cataluña) y magister en Nuevas Tecnologías (Universidad Autónoma de Barcelona).

Desde 2018 ocupaba el puesto de Directora del Gabinete del ministro de Ciencia e Innovación, Pedro Duque. A lo largo de su trayectoria profesional ha sido directora de comunicación y coordinadora de grupos parlamentarios. Antes de su incorporación al ministerio ejercía de asesora de gobierno y de estrategia de campañas electorales, tanto en España como en diversos países de América Latina, especialmente en México.

También ha impartido docencia en masters universitarios sobre campañas electorales, estrategia y comunicación política y parlamentaria. Ha publicado artículos de fondo y opinión sobre comunicación política en diversos medios generalistas y especializados españoles.

Es miembro del Consejo de European Council on Foreing Relations (ECFR) y patrona de la Fundación Alianza por la Solidaridad.

En 2017 recibió la Medalla Europea al Mérito en el Trabajo y en 2016 el Premio Victory Awards a las mujeres influyentes de la comunicación política en España y Latinoamérica.

Fue nombrada directora general de FECYT el 31 de marzo de 2021.

Dirección Gerencia: Beatriz Sánchez Rodrigo
 
Es Licenciada en Derecho por la Universidad Autónoma de Madrid (UAM) y pertenece al Cuerpo Superior de Administradores Civiles del Estado desde el año 2000. Durante su formación, realizó el curso de Derecho Comunitario Europeo en el Instituto Europeo de Administración Pública en Maastricht.
 
Desde 2006 ejercía el cargo de Secretaria General de la Subdelegación del Gobierno en Guadalajara. Anteriormente, desempeñó distintos puestos en la Subdirección General de Recursos Humanos del Ministerio de Fomento.
 
Ha impartido ponencias en materia de gestión de personal funcionario y de la organización de la Administración General del Estado. También ha participado en Rumanía y Polonia como experta nacional a corto plazo en los proyectos Twinning de la Comisión Europea.
 
En 2017 fue distinguida con la Medalla al Mérito Policial —con distintivo blanco— por el Ministerio del Interior.